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根据bed文件重fasta文件中获取基因序列

2018年11月21日  | 移动技术网IT编程  | 我要评论

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第一次写博客，分享一个做的提取基因序列的程序，根据bed文件里的位置信息从基因组里提取序列

源码地址：https://github.com/liuyuan2018/fastatools/blob/master/pygetfasta.py

bed文件通常用来保存注释基因信息，bed文件必须的3列:

  1. chrom - 染色体号
  2. chromstart - feature在染色体上起始位置（其实编号为0）
  3. chromend - feature在染色体上末尾位置（不包括此编号）

　　第四列是基因的名称

　　还有些列想了解参考:http://genome.ucsc.edu/faq/faqformat.html#format1

程序依赖 pyfasta模块（https://pypi.org/project/pyfasta/）

安装pyfasta的命令：pip install pyfasta

 

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