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在linux中用同一个版本的R 同时安装 Seurat2 和 Seurat3的教程

2019年09月06日  | 移动技术网网络运营  | 我要评论

seurat  作为单细胞分析中的重量级r包，有多好用用，用过的人都知道。seurat 分析流程基本涵盖了单细胞分析中的所有常见分析方法，包括filtering，tsne，umap降维及画图等。还有一个重量级功能就是矫正不同实验之间的批次效应。然而seurat 2和seurat 3的矫正方法完全不一样，得到的结果也不一致。

seurat 2是基于cca （典型相关性）的，可以矫正肿瘤，外周血及癌旁组织间由于实验带来的批次效应，也能很好的矫正用不同的单细胞实验平台进行试验带来的批次效应。虽然速度慢，效果还是不错的。而seurat 3 则是基于样本间具有相似表达谱的细胞群来进行矫正，对于同一种性质的实验，由于不同单细胞技术造成的实验批次效应，seurat 3 能够很好的矫正。从官网给的pancers矫正结果就可以看到其矫正能力多么强大。然而正式因为如此强大的矫正能力，对于肿瘤和外周血样本的矫正却过了头，导致不该分在一起的细胞具有了相似的基因表达谱。本人也是做了好几个课题，发现都存在这样的问题，因此果断放弃seurat 3的矫正方法，继续用seurat 2的。但是seurat 3的 findmarker 这个功能可以一次计算10万以上的细胞不报错，而seurat 2就不行，折衷的方案是同时安装 seurat 2和 seurat 3的包，在内存里切换数据，而不用写到本地后再用seurat 3读取后升级。

尤其是对于动辄10几万个细胞来说，保存数据到本地这个操作要花费至少30min, 读取也要30min.

下面我就告诉大家不用读写到本地就可以在seurat 2 和 seurat 3之间完美切换，。

其实方法很简单，将seurat 2和 seurat 3 安装在不同的 library 里面就行了。

我已经安装好了，以我自己进行的自由切换为例:

> r.version
        _             
platform    x86_64-conda_cos6-linux-gnu
arch      x86_64           
os       linux-gnu         
system     x86_64, linux-gnu     
status                  
major     3             
minor     6.1            
year      2019            
month     07             
day      05             
svn rev    76782           
language    r             
version.string r version 3.6.1 (2019-07-05)
nickname    action of the toes

　我用的是最新的r版本 3.6.1很好用。

默认的library 是conda 自带的

> .libpaths()
[1] "/data/home/heshuai/anaconda3/lib/r/library"

默认的seurat是最新版的 seurat 3

> library(seurat)
registered s3 method overwritten by 'r.oo':
 method    from   
 throw.default r.methodss3
> packageversion("seurat")
[1] ‘3.0.2'

我在另一个library 里安装了 seurat 2

/data/home/heshuai/r/x86_64-conda_cos6-linux-gnu-library

在两者间自由切换

1. 首先将 seurat 2 所在的library 加载进来

> .libpaths("/data/home/heshuai/r/x86_64-conda_cos6-linux-gnu-library")
> .libpaths()
[1] "/data/home/heshuai/r/x86_64-conda_cos6-linux-gnu-library" "/data/home/heshuai/anaconda3/lib/r/library"      
>

2. detach seurat 3 后加载 seurat 2, 因为这个时候seurat 2 所在的library 已经在seurat 3 之前了，系统会默认先加载seurat 2

> detach("package:seurat", unload = t)
> library(seurat)
loading required package: ggplot2
rstudio community is a great place to get help: https://community.rstudio.com/c/tidyverse.
loading required package: cowplot
 
********************************************************
note: as of version 1.0.0, cowplot does not change the
 default ggplot2 theme anymore. to recover the previous
 behavior, execute:
 theme_set(theme_cowplot())
********************************************************
 
loading required package: matrix
> packageversion("seurat")
[1] ‘2.3.4'
> 　

现在seurat 3已经成功的切换成seurat 2了. 想要加载seurat 3的时候，将默认library 换到seurat 2的前面即可。

是不是 so easy !　

总结

以上所述是小编给大家介绍的在linux中用同一个版本的r 同时安装 seurat2 和 seurat3的教程，希望对大家有所帮助

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