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seaborn做横向条形图

2019年10月23日  | 移动技术网IT编程  | 我要评论

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数据格式如下

这里选择fold值最大的前20个作图进行展示
代码如下

import seaborn as sns
import pandas as pd
import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt


infpkm="gene_diff2019102206.xls"
genename="aoc1"
picpathname="aoc1.test"

df = pd.read_csv(infpkm,header=0,sep="\t")

#根据绝对值大小从大到小进行排序
df = df.reindex(df['log2foldchange'].abs().sort_values(ascending=false).index)

#取前20行
df = df.iloc[:20,:]

#获取最大的fold绝对值作为x轴的上下限
txlim = np.abs(df.loc[:,'log2foldchange'].tolist()[0])

#获取作图的两列
pre_draw=df[['datebase_type','log2foldchange']]
#选择绝对值大于0.58496的数据
pre_draw = pre_draw[np.abs(pre_draw['log2foldchange'])>0.58496]

#将所有绝对值大于3的整数设置3，绝对值大于3的负数，设置为-3
#df[np.abs(df)>3] = np.sign(df)*3


logfold = [float(n) for n in pre_draw['log2foldchange'].tolist()]
ngroup = [str(n) for n in pre_draw['datebase_type'].tolist()]
ax = sns.barplot(x=logfold, y=ngroup, color='blue', orient='h')

ax.set_title('20 top foldchange of gene '+str(genename)+' expression in different dataset', fontsize=15)
ax.set_ylabel('datebase name', fontsize=15)
ax.set_xlabel('log2(fold change)', fontsize=15)
ax.set_xlim([-txlim-0.25, txlim+0.25])
plt.savefig(picpathname+'.png', format='png', dpi=50, bbox_inches='tight')
plt.savefig(picpathname+'.pdf', format='pdf', dpi=100, bbox_inches='tight')

图片效果如下：

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