当前位置： 移动技术网 > IT编程>脚本编程>Python > python读取dicom图像示例(SimpleITK和dicom包实现)

python读取dicom图像示例(SimpleITK和dicom包实现)

2020年03月09日  | 移动技术网IT编程  | 我要评论

嗨色网,流川枫的春天,轴承型号

1. 用simpleitk读取dicom序列：

import simpleitk as sitk
import numpy as np
img_path='f:\\dataset\\pancreas\\output\\thick\\original\\1'
mask_path='f:\\dataset\\pancreas\\output\\thick\\groundtruth\\1'
 
reader = sitk.imageseriesreader()
img_names = reader.getgdcmseriesfilenames(img_path)
reader.setfilenames(img_names)
image = reader.execute()
image_array = sitk.getarrayfromimage(image) # z, y, x
 
reader = sitk.imageseriesreader()
mask_names = reader.getgdcmseriesfilenames(mask_path)
reader.setfilenames(mask_names)
mask = reader.execute()
mask_array = sitk.getarrayfromimage(mask) # z, y, x

2. 用dicom读取单张dicom图像并显示：

import dicom 
import pylab  
 
ds=dicom.read_file("f:\\dataset\\pancreas\\output\\thick\\groundtruth\\1\\file0001_seg.dcm")  
pixel_bytes = ds.pixeldata 
 
##ct值组成了一个矩阵 
pix = ds.pixel_array 
 
##读取显示图片 
pylab.imshow(ds.pixel_array, cmap=pylab.cm.bone) 
pylab.show() 
如果要对dicom图像中的像素值进行修改，继续执行以下代码：

##修改图片中的元素，不能直接使用data_array,需要转换成pixeldata 
for n,val in enumerate(ds.pixel_array.flat): # example: zero anything < 300 
  if val < 300: 
    ds.pixel_array.flat[n]=0 
ds.pixeldata = ds.pixel_array.tostring() 
ds.save_as("newfilename.dcm")

3. 此外，用pydicom也可读取dicom图像

以上这篇python读取dicom图像示例(simpleitk和dicom包实现)就是小编分享给大家的全部内容了，希望能给大家一个参考，也希望大家多多支持移动技术网。

您可能感兴趣的文章:

如对本文有疑问，请在下面进行留言讨论，广大热心网友会与你互动！！ 点击进行留言回复

相关文章:

验证码：
最近更新的文章
大家感兴趣的文章
移动技术网