自然疗法是以人体健康为核心，重点强调维持身体健康和预防疾病，和中医有不少近似之处。而西医是以疾病为核心，重点放在当机体出现了疾病时，如何诊断和治疗。因此两种体系在学术思想和技术手段上迥然不同。自然疗法主要包括以下内容：
营养疗法即让患者按一定的食谱进食或补充某些营养素，从而使饮食成为治疗的手段。营养疗法是自然疗法的基础，自然疗法医师在临床实践中首先选用这一疗法治疗患者。越来越多的研究证明，粗制食品和补充营养素完全可以达到保健和治疗疾病的目的。采用营养疗法可以有效地治疗痤疮、关节炎、哮喘、动脉粥样硬化、抑郁症、2型糖尿病、湿疹、痛风、高血压、经前期紧张综合症以及溃疡性结肠炎等病症。
植物药疗法是应用植物做为药物防病治病，也可以称为草药疗法。植物药疗法日趋受到人们的重视。现代自然疗法医师在使用植物药治病时，不仅依据该植物在传统医学中的传统药性，而且还要掌握其现代药理学作用及其作用机理，这样使得该疗法更加科学化、现代化。如今，许多自然疗法医师所使用的已不是未加工的植物原生药材，而是使用从植物中提取出来的有效成分。
顺势疗法是使用可以诱发健康人体产生某种疾病的药物来治疗该病。这一疗法的基本原则是：大剂量的药物可以诱发疾病，但该药物在小剂量时，却可治疗该疾病。顺势疗法所使用的药物可以是植物药、矿物药和化学药品。
针灸疗法源于中医。它通过针刺、灸、按摩、激光、电刺激等方式刺激机体的穴位，从而促进机体的“气”在经络中循环、流动。传统的中医针灸疗法在诊治疾病中尚须在阴阳五行、辨证论治等中医理论指导下进行。
水疗法应用热水、冷水、蒸汽等各种形式的水来保健或防治疾病。具体方法有坐浴、灌洗、温泉浴、旋流温水浴、桑那浴、淋浴、湿布、敷泥、足浴、热敷以及灌肠等。水疗法自古以来就是世界上许多民族传统医学中的治疗方法之一。
物理疗法就是应用物理的方法来治疗疾病，包括超声波疗法、透热法、保健体操、按摩、关节活动法等。水疗法也属物理疗法范畴。
对患者的心理咨询和生活方式的调整是自然疗法中必不可缺少的组成部分。自然疗法医师必须具备一定的心理学知识，在问诊中能从患者语言、动作等表现中了解患者的心理状态和其他方面的异常问题，然后采取诸如催眠、心理暗示、咨询指导、家庭治疗等手段，针对患者所存在的问题进行有的放矢的治疗。
音乐疗法历史悠久，早在文艺复兴时期古埃及就有了音乐疗法的纪录，在坐骨神经痛患者的患部上放置管乐器演奏，直接对患部进行音乐的“振动”，以缓解疼痛。我国的《黄帝内经》也有“五音疗疾”的记载。现代医学界利用音乐进行减低人的压力和焦虑、增强免疫系统反应以及降低血压与心跳速率的治疗。日本在晚期医疗、外科、齿科临床上也使用共振音响装置来缓解患者疼痛等。
芳香疗法，就是利用芳香植物的纯净精油来辅助医疗工作的另类疗法。人们从大自然中芳香植物的不同部位中提炼出具有不同气味和颜色的精油，如桉树叶精油、玫瑰花精油、佛手柑精油等。这些精油由一些很小的分子组成，具有易渗透、高流动性和高挥发性的特点，当渗透于人体肌肤或挥发入空气中被人体所吸入时，就会对人的情绪和身体的其他主要功能产生作用，可以安抚神经和愉悦心境，能强化人的心理和生理机能。
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